Eine Genossenschaft wird aufgelöst, wenn ein spezifisch in den Statuten vorgesehener Auflösungsfall eintritt (z. B. wenn der statutarische Zweck erreicht ist), wenn die Generalversammlung die Auflösung beschliesst oder wenn über die Genossenschaft der Konkurs verhängt wird. Nicht möglich ist die Auflösung der Genossenschaft mittels Klage eines oder mehrerer Mitglieder bei Gericht.
Für eine Auflösung der Genossenschaft durch Beschluss der Generalversammlung ist eine Mehrheit von zwei Dritteln der abgegebenen Stimmen nötig. Im Gegensatz zur Aktiengesellschaft oder der GmbH muss der Auflösungsbeschluss nicht öffentlich beurkundet werden.
Die eigentliche Liquidation der Gesellschaft erfolgt dann grundsätzlich nach den Regeln der Aktiengesellschaft. Die Mitglieder der Verwaltung werden zu Liquidatoren. Sie stellen eine Liquidationsbilanz auf, beendigen die laufenden Geschäfte, verwerten die Aktiven und erfüllen die Verpflichtungen der Genossenschaft. Nach Abschluss der Liquidation wird die Genossenschafter im Handelsregister gelöscht.
Eine Besonderheit besteht in Bezug auf die Verteilung des Liquidationsüberschusses. Nur wenn die Statuten dies ausdrücklich so vorsehen, darf der Überschuss unter den Genossenschaftern verteilt werden. Andernfalls muss der Überschuss zu genossenschaftlichen Zwecken oder zur Förderung gemeinnütziger Bestrebungen verwendet werden.
Ohne Liquidation wird eine Genossenschaft aufgelöst, wenn sie durch Fusion mit einer anderen Gesellschaft verschmelzt. Die Fusion einer Genossenschaft ist möglich mit einer Aktiengesellschaft, einer Gesellschaft mit beschränkter Haftung, einer Kommandit-Aktiengesellschaft, einer anderen Genossenschaft oder (unter bestimmten Voraussetzungen) mit einem Verein.