Die Generalversammlung der Genossenschafter ist das oberste Organ der Genossenschaft. Ihr sind die grundlegendsten Entscheide vorbehalten: Neben der Wahl der Verwaltung und ggf. der Revisionsstelle ist die Generalversammlung zwingend zuständig für die Festsetzung und Änderung der Statuten, die Genehmigung der Jahresrechnung und die Entlastung (Décharge) der Verwaltung. Ordentlicherweise tagt die Generalversammlung einmal pro Jahr.
Die operative Führung der Unternehmung liegt in der Kompetenz der Verwaltung, die aus mindestens drei Mitgliedern bestehen muss. Die Mitglieder der Verwaltung müssen zur Mehrheit Genossenschafterinnen bzw. Genossenschafter sein – eine Besonderheit, die ausdrückt, dass in einer Genossenschaft die Persönlichkeit der Mitglieder und demokratische Prinzipien von zentraler Bedeutung sind.
Die Verwaltung hat die Geschäftsführung mit aller Sorgfalt zu besorgen und die genossenschaftliche Aufgabe mit besten Kräften zu fördern.
Wenn die Statuten das so vorsehen, kann die Verwaltung einen Teil ihrer Pflichten und Befugnisse an Verwaltungsausschüsse oder an eine Geschäftsführung bzw. eine Direktion übertragen. Die Geschäftsführerinnen/Geschäftsführer bzw. Direktorinnen/Direktoren müssen nicht Mitglieder der Genossenschaft sein. Wird die Geschäftsführung delegiert, empfiehlt es sich, die Kompetenzordnung in einem von der Verwaltung beschlossenen Organisationsreglement klar festzuhalten. Das Controlling der Geschäftsführung ist diesfalls eine der gesetzlichen Pflichten der Verwaltung.
Die Genossenschaft braucht für die gesetzeskonforme Vertretung gegen aussen mindestens ein Mitglied der Verwaltung, der Geschäftsführung oder Direktion mit Wohnsitz in der Schweiz und Einzelunterschrift (oder zwei Mitglieder mit Kollektivunterschrift zu zweien). Die Zeichnungsberechtigten sind von Gesetzes wegen ermächtigt, im Namen der Genossenschaft alle Rechtshandlungen vorzunehmen, die der Zweck der Genossenschaft mit sich bringen kann. Intern kann diese Befugnis (etwa im Organisationsreglement) beschränkt werden, z.B. auf bestimmte Höchstbeträge. Im externen Verhältnis ist eine Einschränkung der Vertretungsbefugnisse nur in einem sehr engen Rahmen möglich (z.B. Beschränkung auf eine Zweigniederlassung).